明治のご維新を迎え、江戸時代末期より盛んであったお伊勢参りが叶わない人々の為に、全国都道府県に、伊勢神宮が遥拝出来る設備を設けるとともに、伊勢神宮大麻の頒布などを行うことへの要請がありました。
京都大神宮は、当初、伊勢神宮の布教機関であった神宮教の京都教会所に由来し、神宮奉斎会京都地方本部として、創建されました。
明治六年七月、伊勢神宮の内宮・外宮より、天照皇大神、豊受大神の御分霊をお迎えし、諾冊二神、八柱大神、大地主神、倭比売命を配祀、明治八年、社殿を建立しました。
明治十四年には、神宮遥拝所を創建、神風講社を設立。戦後、「京都大神宮」として、再出発しました。
本殿は、一条家の玄関及び書院を移築したもので、唐破風の優美さは、日本有数といわれており、この唐破風を模した建築物も作られたと伝えられています。
また、手水舎（てみずや）の水盤は、太閤秀吉公で名高い、伏見城にあったものを寄進、移築されたと伝わっています。
明治時代より、明治天皇の皇女、親王殿下、時の大臣他多くの参拝があり、神風講社の結成は百壱社に及びました。
神前結婚は、明治三十三年、当時の皇太子殿下（後の大正天皇）と九条節子姫（後の貞明皇后）の御成婚に始まります。
宮中において、初めて皇居内の賢所で行われた慶事から、多くの国民から神前結婚への要請があり東京大神宮と当大神宮で祭式を吟味、完成させ、挙行したのが今日に繋がっています。
現在、各神社では、良い意味で、様々な色付けがされていますが、全き最初の神前結婚式の姿を当宮にて、ご覧頂くことが可能です。
また、明治三十九年に精華学園を創立、戦後独立するに至りました。
