　南大門を出た南に薬師寺を守護する休ケ岡八幡宮があります。寛平年間（889～898）に大分県宇佐から現在地に勧請［かんじょう］されました。現在の社殿は慶長8年（1603）の建物です。社殿は全体に西面し、本殿・脇殿とも小高い石積みの壇上に建っています。社殿の西、前庭の西側にある座小屋は修復が多いものの、社殿とほぼ同じ時期の建物で、中世に始まった宮座が受け継がれている貴重な歴史文化遺産とされています。