創祀年代は不詳であるが、往古氷見の郷を開拓した祖先達が、この地に「まつりのにわ」を設け、日月の神を奉祀したに始まると伝え、天平十九年（七四九）越中国守大伴家持卿が社殿を造営され、以来「有磯宮」と称し、氷見地方の総鎮護の神として豪族・郷民から崇敬された。その後伊勢玉神社と称し、このあたりを伊勢崎と呼ぶようになった。保元平治の乱をはじめ、数度の兵火にかかり、盛衰をくりかえし、中古から伊勢町神明宮と称したが、天保十五年（一八四四）現社号伊勢玉神社に復した。
昭和十三年高砂町の愛宕社を合祀し、平成十七年五月朝日山大神宮を合祀した。現在の本殿は嘉永三年（一八五〇）、拝殿は天保十五年（一八四四）に再建されたものである。
特殊神事として、歩射式（一月二日）・伊勢玉の火祭（一月十四日）・湯立の神事（春秋の例大祭宵宮）・胎内くぐり（六月三十日）・柿天神（十月二十五日）・大絵馬の掛け替え（十二月下旬）を行う。
